L'agriculture occupe 7,2 p. 100 de la population active de Franche-Comté (moyenne nationale : 6,5 p. 100). Elle réalise 5 p. 100 du produit intérieur brut (PIB) régional (moyenne nationale : 3,2 p. 100). La Région a effectué de nombreux remembrements (19 700 exploitations pour une surface agricole utile de 682 000 ha, et dispose ainsi d'une surface agricole atteignant en moyenne 35 ha par exploitant contre 28 ha pour la moyenne nationale. Eu égard à la richesse herbagère de la Région, l'agriculture comtoise est principalement consacrée à l'élevage (455 000 ha de prairies permanentes). Divers cheptels, notamment les bovins (700 000 têtes), représentent 81 p. 100 de la production agricole. 43 p. 100 du cheptel sont destinés à la viande bovine, et 57 p. 100 à la production laitière. La race pie-rouge de l'est fournit du lait ou de la viande, mais la race montbéliarde est exclusivement utilisée pour la production laitière à haut rendement.
Le lait de vache est à la base des différents fromages (comté) produits dans des structures coopératives originales, les "fruitières" ("fruits communs"). En général, les producteurs de lait d'un ou de plusieurs villages se réunissent en coopératives afin d'augmenter leur capacité de production : à titre indicatif, il faut 500 litres de lait de vache pour fabriquer une meule de comté de 42 kg. Cette production traditionnelle était déjà pratiquée au XIIIe siècle sur les hauts plateaux du Doubs. Parallèlement à ces structures coopératives, des sociétés privées d'affinage et de distribution se développent. Néanmoins, le revenu par exploitation agricole en Franche-Comté est inférieur d'un quart à la moyenne nationale.
La sylviculture représente également une source de revenus pour de nombreuses communes situées à l'est de la Haute-Saône. La forêt occupe 42 p. 100 du Jura forestier. Dans les plaines et sur le premier plateau, elle est principalement constituée d'arbres à feuilles caduques (bouleaux, chênes, chênes pubescents, érables, frênes, hêtres, merisiers, etc.). Les sylviculteurs exploitent principalement des résineux (mélèzes, pins sylvestres, sapins à partir de 800 m, épicéas au-delà de 1 000 m) sur les pentes du second plateau jurassien. Le bois des forêts jurassiennes (forêt du Massacre, forêt du Risoux, Bois-d'Amont, forêt de la Joux, etc.) alimente toute une industrie en aval. Dans les plaines situées à l'ouest de la Région, la polyculture domine : betterave, céréales (18 p. 100 des terres agricoles), fourrage (72 000 ha consacrés aux cultures fourragères), oléagineux (3,5 p. 100 des terres agricoles). Au nord, les exploitants pratiquent des cultures maraîchères, notamment dans la région de Port-sur-Saône et de ses trois affluents (Semouse, Breuchin et Lanterne). Le bord occidental du plateau du Jura produit des vins d'appellation d'origine contrôlée (AOC). Sur ces pentes marneuses et calcaires, quatre crus couvrent 1 600 ha : les côtes-du-jura (Salins-les-Bains, Poligny, Lons-le-Saunier, Saint-Amour), l'arbois (Arbois, Pupillin), château-chalon (Voiteur, Menetru, Château-Chalon) et l'étoile. La Franche-Comté exploite également quelques salines, notamment dans les sites de Poligny et de Lons-le-Saunier.
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Le secteur secondaire est fortement représenté en Franche-Comté puisqu'il concerne 32,9 p. 100 de l'emploi régional (moyenne nationale : 22,9 p. 100).
Il représente 41,5 p. 100 du PIB régional (moyenne nationale : 29,8 p. 100).
Cette forte proportion du secteur secondaire tient à la tradition industrielle de la Région. Autrefois diffuse dans toutes les communes montagnardes, l'industrie se concentre aujourd'hui autour de trois pôles industriels : Besançon, Sochaux-Montbéliard et Belfort.
La vallée du Doubs abrite deux des trois pôles économiques de la Région. Besançon conserve ses activités traditionnelles d'horlogerie, ses industries textiles et ses constructions mécaniques. Mais l'agglomération est également l'un des pôles nationaux des industries de haute technologie depuis sa reconversion. Elle s'est spécialisée dans l'alliance de la mécanique de précision et de la microélectronique, ainsi que dans l'électronique "Temps-Fréquence" (secteur de pointe de la chronométrie). Besançon apparaît comme la capitale des microtechniques. L'agglomération de Sochaux-Montbéliard représente la tradition métallurgique franc-comtoise (acier, outillage, industrie automobile).
En 1885, le pays de Montbéliard attire la première fabrique française de vélocipèdes des frères Eugène et Armand Peugeot. Grâce au moteur à explosion de Daimler, Armand Peugeot fonde la Société des automobiles Peugeot en 1895. La banlieue est de Sochaux est le fief de l'industrie automobile Peugeot SA depuis 1912. L'établissement, l'un des plus grands employeurs de France, regroupe environ 23 000 ouvriers.
Dans l'agglomération de Belfort, l'industrie textile traditionnelle a reculé. Mais les constructions mécaniques et électriques lourdes (locomotives et turbines) occupent une place clé dans l'économie régionale. Ces activités sont l'apanage de la société Alcatel (locomotives électriques, fabrication de trains à grande vitesse, TGV). Autour de la ville de Belfort, d'autres industries sont implantées comme à Giromagny (industrie annexe de l'automobile) ou sont en phase de reconversion (ancienne usine informatique Bull).
Outre ces trois pôles industriels, la Franche-Comté a développé une série d'activités liées au secteur primaire. L'élevage bovin alimente diverses industries agroalimentaires comme à Lons-le-Saunier, à Morteau ou à Dole. De même, le lait des races montbéliarde et pie-rouge constitue la base d'une riche production fromagère : le comté (appellation d'origine contrôlée, 37 000 tonnes par an), l'emmenthal (41 000 tonnes par an), le morbier (fabriqué vers Morez), le bleu de Haut-Jura (fabriqué à Septmoncel, à Gex), le vacherin ou mont d'or (fabriqué dans la région de Champagnole), la cancoillotte, ou encore des fromages fondus qui mélangent plusieurs fromages comme le bleu, le comté, l'emmenthal ou le gruyère (produit à Dole et à Lons-le-Saunier).
La sylviculture alimente l'industrie du bois (Pontarlier, scieries de Champagnole, papeteries, cartonnage à Lons-le-Saunier). Suivant l'essence des arbres, les produits obtenus sont différents : l'épicéa sert à la fabrication d'instruments de musique, le bouleau est employé pour les boîtes de fromage, le hêtre est utilisé pour la réalisation de meubles, le sapin et l'épicéa pour les charpentes, les petits bois résineux fournissent les usines de pâte à papier, les résidus des scieries entrent dans la fabrication du contreplaqué, des panneaux de particule, des poteaux, etc.
D'autres branches industrielles, souvent dispersées dans la Région, sont également présentes : la métallurgie à Audincourt, l'industrie du cuir, la cimenterie à Champagnole, la mécanique de précision (Maîche, Morteau, Pontarlier), l'appareillage mécanique et électrique, la lunetterie, l'horlogerie à Morez, la chimie lourde à Tavaux (groupe Solvay), la confection de pipes, les matières plastiques et les bijoux à Saint-Claude, le textile (Baume-les-Dames, Ormans).
À la frontière vosgienne, l'industrie textile traditionnelle est en déclin dans les petites villes telles que Héricourt, Lure, Luxeuil, Saint-Loup-sur-Semouse et Villersexel.
À l'inverse, les industries plastique et métallurgique en sous-traitance se développent dans les pôles industriels de Sochaux-Montbéliard (Doubs) et de Belfort (Territoire-de-Belfort) : construction automobile à Vesoul, caoutchouc, matières plastiques à Lure.
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Le secteur tertiaire regroupe 53,9 p. 100 de la population active (moyenne nationale : 70,3 p. 100).
Il représente 54,9 p. 100 du PIB régional (moyenne nationale : 67 p. 100).
Le développement des activités tertiaires est limité par la concurrence que se font les trois grandes agglomérations régionales : Besançon, Montbéliard et Belfort.
Seules les villes limitrophes de la Franche-Comté (Mulhouse, Dijon, Châlon-sur-Saône) et le Jura suisse (15 000 comtois traversent la frontière suisse pour y travailler) font contrepoids.
Les activités tertiaires se concentrent dans quelques villes comme Dole et Lons-le-Saunier, qui font figure de grands carrefours commerciaux. Mais ce secteur économique n'est pas suffisamment prépondérant pour ralentir l'exode rural qui est parfois fort (le département de la Haute-Saône tend à se dépeupler).
Néanmoins, la Franche-Comté dispose d'un certain nombre d'atouts pour renforcer et étendre ses activités tertiaires. La Région possède deux pôles de recherche notables avec l'université de Besançon et celle de Belfort.
Avec ses terres jurassiennes, la Région possède un patrimoine naturel essentiel pour développer le tourisme hivernal et estival (les Hôpitaux-Neufs, Mouthe, Salins-les-Bains, vallée de l'Ain et lac de Vouglans, cirque de Baume, source de la Loue, saut du Doubs, cascade du Hérisson, etc.).
Plusieurs stations de sports d'hiver sont implantées dans la Région : Belleydoux, Les Rousses, Mijoux, Prénovel, Métabief, Montbenoît, Pierrefontaine-les-Varans, etc. De plus, la Franche-Comté a vu la création, en 1986, du parc naturel régional du Haut-Jura couvrant une superficie de 75 672 ha et qui s'étend de Chapelle-des-Bois, au nord, à Giron, au sud.
Néanmoins, dans les plaines, le tourisme est encore peu dynamique (stations thermales à Luxeuil-les-bains, Salins-les-Bains, Lons-le-Saunier). Cependant, le patrimoine culturel franc-comtois est un autre atout. L'artisanat du bois, les salines royales d'Arc-et-Senans ou encore la taille des pierres précieuses représentent des activités traditionnelles dynamisantes pour le tourisme.
L'extension et la modernisation des voies de communication deviennent un atout majeur pour la Région. Grâce aux autoroutes A 36 (Mulhouse-Beaune) et A 39 (Dijon-Dole), et au projet de TGV "Rhin-Rhône", la Franche-Comté se trouve sur un axe reliant l'Allemagne à la Catalogne, l'Europe du nord-est à l'Europe méditerranéenne. Cet atout majeur donne à Besançon et à sa Région une perspective de développement européen, voire international. Toutefois, l'aménagement du territoire franc-comtois doit trouver une juste voie entre ces nouvelles réalisations et la protection de sites naturels fragiles et précieux.
